明治二十八年，西元 1895 年，十月二十日四艘屬於日本帝國海軍軍艦進入安平港內，分別是吉野、浪速、大和與秋津洲四艦。不過陸地上的台灣守軍的砲台卻沒有發砲攻擊。二十一日凌晨一點，來自台南東門教堂英國傳教士的消息，據守台南城軍隊的首領劉永福已經暗自偷渡至廈門。加上與海軍傳來的消息相互對比，增加了情報的可信度。日本陸軍第二師團長乃木希典（Nogi Maresuke）中將得知消息後，便隨即命令軍隊佔領台南。
十月二十一日，黎明。日軍第二師團由台南小南門進入台南府城。至此，存在一百四十九天的台灣民主國，等於滅亡了。十月二十七日台灣總督樺山資紀發布公告聲稱「台灣全島已全部平定」。十一月三日，日本明治天皇誕辰。兩天後，也就是十一月五日，日本軍方公布「北白川宮能久親王薨去」的發表。
